Estación Científica Coiba Aip - Departamento De Compras
Servicio de secuenciación y análisis bioinformático personalizado el proyecto bentónicos del dr. Marco mendizabal
Apertura de Propuestas:
Lote 1: **** - 6 Unidad - Servicio de Secuenciación de ARNm de muestras congeladas de pescados Debe Incluir: Extracción de ARN total: se debe extraer el ARN total a partir de las muestras de tejido animal de manera exitosa y eficiente. Control de Calidad: toda muestra extraída exitosamente debe presentar ? 100 ng de ARN total, integridad de ? 4. 0 y pureza de A260/280 = 1. 8- 2. 2 - A260/230 ? 1. 8. Preparación de librerías de ARNm a partir del método de enriquecimiento de cadenas poli A: este debe aislar el ARN mensajero eucariota del ARN total utilizando perlas magnéticas conjugadas con secuencias de oligo( dT), los cuales se unen a las colas de poli( A) 3' del ARNm maduro, eliminando el abundante ARN ribosómico ( ARNr). El ARNm es después fragmentado física o enzimáticamente para la producción de fragmentos de 15bp. Los fragmentos son después transformados a ADN mediante una retro trascripción para la producción de cDNA. Finalmente, se le añaden adaptadores a los fragmentos de cDNA y las librerías son purificadas. Secuenciación de la librería en plataforma de alto rendimiento: 6 G de data cruda por muestra, con 50 millones de lecturas para genomas sin referencia Control de calidad de datos Crudos: Los datos deben tener una calidad minina de ? 85% Q30. La data cruda debe ser capaz de utilizarse para cuantificación de la expresión génica, perfilmiento de expresión diferencial, análisis de enriquecimiento funcional, identificación de transcritos nuevos, análisis de SNP e InDel, análisis de empalme alternativo ( AS), predicción de genes de fusión, análisis de interacción proteína- proteína ( PPI) y anotación funcional de factores de transcripción y oncogenes Producto que debe ser entregado: los FASTQ/FASTA raw reads ( toda las data incluida que está por debajo de Q30) y los clean reads ( toda la data que estaba dentro del Q30) de cada muestra secuenciada. Duración y entrega de resultados: 60 días laborales a partir de recibir las muestras - Vectores de secuenciación
Lote 1: **** - 6 Unidad - Servicio de Secuenciación de ARNm de muestras congeladas de pescados Debe Incluir: Extracción de ARN total: se debe extraer el ARN total a partir de las muestras de tejido animal de manera exitosa y eficiente. Control de Calidad: toda muestra extraída exitosamente debe presentar ? 100 ng de ARN total, integridad de ? 4. 0 y pureza de A260/280 = 1. 8- 2. 2 - A260/230 ? 1. 8. Preparación de librerías de ARNm a partir del método de enriquecimiento de cadenas poli A: este debe aislar el ARN mensajero eucariota del ARN total utilizando perlas magnéticas conjugadas con secuencias de oligo( dT), los cuales se unen a las colas de poli( A) 3' del ARNm maduro, eliminando el abundante ARN ribosómico ( ARNr). El ARNm es después fragmentado física o enzimáticamente para la producción de fragmentos de 15bp. Los fragmentos son después transformados a ADN mediante una retro trascripción para la producción de cDNA. Finalmente, se le añaden adaptadores a los fragmentos de cDNA y las librerías son purificadas. Secuenciación de la librería en plataforma de alto rendimiento: 6 G de data cruda por muestra, con 50 millones de lecturas para genomas sin referencia Control de calidad de datos Crudos: Los datos deben tener una calidad minina de ? 85% Q30. La data cruda debe ser capaz de utilizarse para cuantificación de la expresión génica, perfilmiento de expresión diferencial, análisis de enriquecimiento funcional, identificación de transcritos nuevos, análisis de SNP e InDel, análisis de empalme alternativo ( AS), predicción de genes de fusión, análisis de interacción proteína- proteína ( PPI) y anotación funcional de factores de transcripción y oncogenes Producto que debe ser entregado: los FASTQ/FASTA raw reads ( toda las data incluida que está por debajo de Q30) y los clean reads ( toda la data que estaba dentro del Q30) de cada muestra secuenciada. Duración y entrega de resultados: 60 días laborales a partir de recibir las muestras - Vectores de secuenciación
Lote 2: **** - 1 Unidad - Servicio de Secuenciación y Análisis Bioinformático Personalizado para la anotación función de la data cruda de la secuenciación Debe Incluir: Preparación de librerías de ADN genómica de alto peso molecular para la tecnología HiFi: Debe poder procesar ? 3 ? g de ADN genómico, con un OD260/280= 1. 75~ 2. 0; OD260/230= 1. 5~ 2. 6; NC/QC= 1. 00~ 2. 20 , en fragmentos de ? 30K. a estos fragmentos después se le serán añadidos los adaptadores y las librerías serán purificadas. Secuenciación de la librería en plataforma diseñada para lecturas largas: ? 50× de profundidad de lectura por muestras, las cuales deben poder dar lecturas continuas de fragmentos de ADN de 15- 25Kb Control de calidad de datos Crudos Análisis Bioinformático Personalizado: Anotación funcional del genoma según las especificaciones y patrones solicitados por el Usuario. Producto que debe ser entregado: el archivo GAF ( o en otro formato similar) de los genes anotados en la muestra. Duración y entrega de resultados: 60 días laborales a partir de recibir las muestras - Vectores de secuenciación
